このサイトを参考にしました。
以下のコマンドを実行。
> sudo chflags hidden /opt
いつの間にか、FinderでMachintosh HDを開くと、optディレクトリが表示されるように。おそらく、デフォルトではMac OS Xには/optがなくて、何らかのソフトをインストールしたときに作られたもの。他のUNIXではもともと存在するディレクトリだし、ここの内容を確認する場合は、通常はTerminalを使うことになると思うので、Finderでこのディレクトリが表示されないようにしました。